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記者30日從內(nèi)蒙古科學(xué)技術(shù)廳獲悉，內(nèi)蒙古大學(xué)左永春教授科研團(tuán)隊(duì)在哺乳動(dòng)物早期胚胎發(fā)育的生物信息學(xué)研究領(lǐng)域取得重要科研進(jìn)展，相關(guān)成果以《探索哺乳動(dòng)物胚胎發(fā)生時(shí)空激活的綜合地圖集》為題，近日發(fā)表于國(guó)際學(xué)術(shù)期刊《核酸研究》。該研究得到國(guó)家自然科學(xué)基金和自治區(qū)關(guān)鍵技術(shù)攻關(guān)項(xiàng)目的支持。

近年來(lái)，哺乳動(dòng)物發(fā)育生物學(xué)領(lǐng)域已積累了海量的研究資源和多組學(xué)數(shù)據(jù)，但這些數(shù)據(jù)資源規(guī)模大、維度高、信息碎片化嚴(yán)重，缺乏有效組織整理的資源庫(kù)。為此，內(nèi)蒙古大學(xué)科研團(tuán)隊(duì)利用生物信息學(xué)和計(jì)算生物學(xué)方法創(chuàng)建完成了哺乳動(dòng)物早期發(fā)育的多組學(xué)資源庫(kù)與分析云平臺(tái)。

科研團(tuán)隊(duì)首先完成了基于12種前沿測(cè)序技術(shù)產(chǎn)生的821個(gè)數(shù)據(jù)集，涉及人、小鼠等物種的9113個(gè)樣本。隨后，將這些數(shù)據(jù)根據(jù)植入前胚胎、胎兒、新生兒的時(shí)空發(fā)育順序進(jìn)行歸檔整理，共涉及65個(gè)不同發(fā)育時(shí)間點(diǎn)的組織類(lèi)型和116種細(xì)胞類(lèi)型。此外，23個(gè)權(quán)威功能知識(shí)庫(kù)的發(fā)育相關(guān)注釋也被人工審編并整合到該數(shù)據(jù)庫(kù)。最終，團(tuán)隊(duì)構(gòu)建完成了包含64TB的組學(xué)數(shù)據(jù)和信息注釋的資源庫(kù)，開(kāi)發(fā)了哺乳動(dòng)物發(fā)育多組學(xué)在線分析云平臺(tái)EmAtlas。

隨著用戶(hù)的積極反饋，該平臺(tái)將會(huì)新增更全面的數(shù)據(jù)資源和分析工具。EmAtlas可以為發(fā)育領(lǐng)域的研究人員和臨床醫(yī)師提供有力的分析手段，并為人類(lèi)遺傳疾病、干細(xì)胞醫(yī)療、輔助生殖和畜牧繁育等提供新的研究思路。同時(shí)，該云平臺(tái)還可以實(shí)現(xiàn)從發(fā)育的兩個(gè)尺度(時(shí)序、空間)，從宏觀到微觀的五個(gè)維度(組織、細(xì)胞、基因組、基因、蛋白質(zhì))解析哺乳動(dòng)物早期發(fā)育進(jìn)程。?

關(guān)鍵詞： 哺乳動(dòng)物 胚胎發(fā)育 生物信息學(xué) 內(nèi)蒙古大學(xué) 國(guó)家自然科學(xué)